El departamento de Diagnóstico y ciencias quirúrgicas se desarrolla en el ámbito de la definición de las patologías que afectan al individuo a través de la Semiología, el examen clínico del paciente y de los exámenes complementarios que permiten llegar a un adecuado Diagnóstico de la problemática que el paciente presenta. 

Conforman este departamento las especialidades de Semiología y Cirugía bucal, Imagenología, Neuroanatomía, Implantología buco maxilofacial y Psicopatología médica.  Las áreas de Imagenología, Semiología y Cirugía Oral e implantología imparten grados de especialidad solamente. 

Las líneas de investigación son en células madre, regeneración de tejidos blandos y duros, regeneración naturalmente guiada, modalidades de tratamiento en implantología oral.